Desde su creación, el JET se ha vinculado con diversas comunidades, principalmente de origen indígena, estrechando lazos de colaboración que permitan conservar y recuperar los saberes tradicionales sobre el uso los recursos biológicos a través de caminatas botánicas, organización de ferias, talleres impartidos por sabios locales, entre otros. Entre las comunidades y organizaciones civiles participantes se encuentran:
- San Pedro Tlalcuapan, Mpio. de Chiautempan.
- San Isidro Buensuceso, Mpio.de San Pablo del Monte
- La Trinidad Tenexyecac, Mpio. de Ixtacuixtla
- San Diego Metepec, Mpio de Tlaxcala
- Vicente Guerrero, Mpio. de Españita
- San Vicente Xiloxochitla, Mpio. de Nativitas
- Grupo biocultural Yoloaltepetl, San Pedro Tlalcuapan
- Colectivo Proyecto Malintzi, San Pablo del Monte
