Desde su creación, el JET se ha vinculado con diversas comunidades, principalmente de origen indígena, estrechando lazos de colaboración que permitan conservar y recuperar los saberes tradicionales sobre el uso de los recursos biológicos a través de caminatas botánicas, organización de ferias, talleres impartidos por sabios locales, entre otros. Entre las comunidades y organizaciones civiles participantes se encuentran:
- San Pedro Tlalcuapan, Mpio. de Chiautempan.
- San Isidro Buensuceso, Mpio. de San Pablo del Monte.
- La Trinidad Tenexyecac, Mpio. de Ixtacuixtla.
- San Diego Metepec, Mpio. de Tlaxcala.
- Vicente Guerrero, Mpio. de Españita.
- San Vicente Xiloxochitla, Mpio. de Nativitas.
- Grupo Biocultural Yoloaltepetl, San Pedro Tlalcuapan.
- Colectivo Proyecto Malintzi, San Pablo del Monte.
